7 июня, в день памяти обретения главы Пророка и Предтечи, Крестителя Господня Иоанна, в крипте Базилики была совершена Божественная Литургия. Во время волнений в Константинополе в связи с ссылкой святителя Иоанна Златоуста (память 13 ноября) глава святого Иоанна Предтечи была унесена в город Емесу. Оттуда во время набегов сарацин она была перенесена (около 810-820 гг.) в Команы и там, в период иконоборческих гонений, была скрыта в земле. Когда иконопочитание было восстановлено, патриарху Игнатию (847-857) во время ночной молитвы было указано в видении место, где скрыта глава святого Иоанна Предтечи. Первосвятитель сообщил об этом императору, который послал посольство в Команы, и там глава была в третий раз обретена, в указанном патриархом месте, около 850 года. Позже глава вновь была перенесена в Константинополь и здесь 25 мая положена в придворной церкви, часть святой главы находится на Афоне. В память Третьего обретения главы Крестителя Господня Иоанна празднование 25 мая по ст.стилю.
Следует отметить что, с 1 июня и по 15 октября, Божественная Литургия на мощах Свт. Николая совершается также и по вторникам (традиционно в четверг, и во вторник).
После отпуста Литургии и славления, все молящиися имели возможность приклониться к мощам Святителя и Чудотворца Николая.